Инструкция по использованию кластера
Table of contents
Закачка файлов на кластер при помощи FTP
Параметры соединения (адрес сервера, логин и пароль) получаются пользователем при регистрации. Пользователям Windows рекомендуется использовать FTP-клиент, встроенный в Far Manager. Пользователям *nix рекомендуется использовать FTP-клиент gFTP.
Настройка FTP-доступа в Far Manager
- Запустите FAR (рассматривается Far Manager версии 1.65)
- Нажмите Alt+F1 (для левой панели) или Alt+F2 (для правой панели)
- В появившемся меню выберите пункт FTP. Вы увидите информацию о настроенных ftp-соединениях
- Необходимо создать новую запись для Вашего ftp-соединения. Для этого нажмите Shift+F4
# В открывшемся окне в первой строке введите адрес сервера и логин в формате
ftp://имя_пользователя:@сервер
(имя_пользователя замените на Ваш логин). Во второй строке введите ваш пароль, в третьей - описание (напр., "Кластер")
- В целях безопасности лучше оставить поле "User password" ("Пароль") пустым и вводить пароль каждый раз перед подключением. Для этого необходимо поставить "x" напротив "Ask password directly before connecting" ("Спрашивать пароль непосредственно перед подключением")
- Выберите "Save" ("Сохранить") и нажмите Enter
- Выделите созданную запись и нажмите Enter
- Введите пароль, если Вы выбрали "Ask password direct before connecting" ("Спрашивать пароль непосредственно перед подключением")
- В текущей панели откроется содержимое Вашей домашней директории на кластере. Закачать туда файлы можно, просто копируя их из места расположения на Вашем компьютере
Настройка FTP-доступа в gFTP
- Запустите gFTP
- В поле "Сервер" введите полученный адрес FTP-сервера кластера
- В поле "Пользователь" введите выданный Вам логин
- В поле "Пароль" введите выданный Вам пароль
- Нажмите Enter для соединения с сервером
- В правой панели откроется содержимое Вашей домашней директории на кластере. Закачать туда файлы можно, выделяя их в левой панели и выбрав в меню "Передача" -> "Выложить файлы" (или нажав Ctrl+P)
- Сохранить параметры соединения можно, выбрав в меню "Закладки" -> "Добавить закладку"
Вход на кластер посредством SSH
Параметры соединения (адрес сервера, логин и пароль) выдаются пользователю при регистрации. Пользователям Windows рекомендуется использовать SSH-клиент PuTTY. Пользователям *nix рекомендуется использовать стандартный терминальный ssh-клиент.
Соединение с кластером посредством SSH при помощи PuTTY
- Запустите PuTTY
- В поле Host Name введите IP адрес кластера, полученный при регистрации
- В поле Saved Sessions вводим название, под которым будут сохранены настройки подключения
- Нажимаем кнопку Save, чтобы сохранить настройки
- Теперь, чтобы соединиться с кластером, нужно выбрать сохраненные настройки и нажать кнопку Load
- В ответ на запрос сервера введите полученные при регистрации логин и пароль
- После успешной авторизации Вы получите доступ к командной строке, иначе повторите шаги 5-6
Соединение с кластером посредством SSH при помощи стандартного терминального ssh-клиента *nix
- В терминале дайте команду
ssh -l имя_пользователя адрес_сервера
где имя_пользователя - логин, полученный при регистрации; адрес_сервера - IP адрес кластера, полученный при регистрации
- В ответ на запрос сервера введите полученный при регистрации пароль
- После успешной авторизации Вы получите доступ к командной строке, иначе повторите шаги 1-2
Вход на серверы кластера без пароля
Для работы MPI требуется вход на серверы кластера без пароля, с использованием идентификации по ключам. Для её организации требуется следующее:
ssh-keygen -t rsa
Утилита задаст несколько вопросов - просто нажимайте Enter (в том числе и на вопрос о passphrase - в целях автоматизации её действительно лучше оставить пустой)
cat ~/.ssh/id_rsa.pub >> ~/.ssh/authorized_keys
chmod 600 ~/.ssh/authorized_keys
Теперь у Вас должна появиться возможность входить на серверы кластера без пароля. Проверить это можно легко с помощью команд
ssh c1
...
ssh c8
Компилирование программ из исходных кодов
Компилирование программ, написанных с использованием MPI
При компиляции необходимо использовать компилятор mpicc. Например, команда
mpicc -o main main.c
скомпилирует исходный код, находящийся в файле main.c, в исполняемый файл main.
Запуск MPI-программ
Список хостов
Создайте в своём домашнем каталоге файл mpd.hosts. Он должен содержать перечисление серверов, на которых Вы будете запускать своё распределённое приложение, каждый сервер на отдельной строке. Можно воспользоваться следующим примером:
c4
c1
c2
c3
c5
c6
c7
c8
Файл конфигурации mpd
touch ~/.mpd.conf
chmod 600 ~/.mpd.conf
Файл ~/.mpd.conf должен содержать хотя бы одну строку:
MPD_SECRETWORD=password
(вместо password Вам нужно вставить свой пароль, любой).
Запуск окружения LAM и MPD-кольца
Поднимаем LAM:
lamboot /home/username/mpd.hosts
Смотрим, на всех ли серверах поднялось:
lamnodes
Запускаем MPD-кольцо:
mpdboot --file=/home/username/mpd.hosts -n 8
Смотрим, на всех ли серверах запустилось:
mpdtrace
Запуск программы под MPI
mpirun -n количество_процессов /home/username/mpi_program
Остановка LAM и MPD-кольца
mpdallexit
lamhalt
Wiki